Intégration des données rasters dans Seatizen Monitoring

L'intégration des données raster (Orthophotos, Bathymétrie, Prédictions, etc.) à la plateforme Seatizen Monitoring nécessite une optimisation préalable en raison de la taille importante des fichiers. Ces données sont servies par un serveur dédié, distinct du site web principal.

1. Le dépôt `cog-server`

Tout le processus d'optimisation, de stockage et de service des rasters est géré par le dépôt cog-server : https://github.com/SeatizenDOI/cog-server.

Ce dépôt contient deux composantes essentielles :

Composante	Rôle
Le dossier tools	Contient les scripts Python pour convertir vos rasters bruts en format Cloud Optimized Geotiff (COG).
Le serveur	L'application web qui sert les rasters COG optimisés, permettant une visualisation rapide sur la carte.

2. Préparation et organisation des fichiers rasters

⚙️ Étape 1 : Optimisation des rasters

Avant le déploiement, vous devez traiter vos fichiers pour les rendre compatibles avec le serveur.

Utilisez les scripts disponibles dans le dossier cog-server/tools/. Chaque sous-dossier (bathy, ortho, pred_drone, etc.) contient un README.md expliquant les étapes spécifiques pour optimiser les rasters de ce type.

📂 Étape 2 : Structure du dossier de données (`data`)

Une fois optimisés (ils devraient se terminer par _cog.tif), les fichiers doivent être stockés dans un dossier data en respectant la hiérarchie suivante (par type de données et par année) :

.
├── bathy
│   ├── 2022
│   │   ├── bathy_group_9_color_cog.tif
│   │   └── bathy_group_9_depth_cog.tif
│   ├── 2023
│   │   ├── bathy_group_9_color_cog.tif
│   │   └── bathy_group_9_depth_cog.tif
│   ├── 2024
│   │   ├── bathy_group_5_color_cog.tif
│   │   └── bathy_group_5_depth_cog.tif
│   └── 2025
│       ├── bathy_group_5_color_cog.tif
│       └── bathy_group_5_depth_cog.tif
├── ign
│   ├── 2017
│   │   └── 974-2017-0340-7640-U40S-0M20-E080_clipped_cog.tif
│   └── 2022
│       └── 974-2022-0340-7640-U40S-0M20-E080_clipped_cog.tif
├── ortho
│   ├── 2021
│   │   └── 20211202_REU-BOUCAN_AUV-1_01_ortho_cog.tif
│   ├── 2022
│   │   └── 20221025_SYC-aldabra-arm01_UAV-02_33_ortho_cog.tif
│   ├── 2023
│   │   └── 2023_ASV_AME_STLEU_odm_orthophoto_cog.tif
│   ├── 2024
│   │   └── 20240628_REU-HERMITAGE_ASV-1_01_ortho_cog.tif
│   └── 2025
│       └── 2025_ASV_AME_STLEU_odm_orthophoto_cog.tif
├── pred_asv
│   ├── 2022
│   │   ├── group_2022_ACROPORE_BRANCHED_0_colored_cog.tif
│   │   └── group_2022_THALASSODENDRON_CILIATUM_9_colored_cog.tif
│   ├── 2023
│   │   └── group_2023_THALASSODENDRON_CILIATUM_9_colored_cog.tif
│   ├── 2024
│   │   └── group_2024_THALASSODENDRON_CILIATUM_6_colored_cog.tif
│   ├── 2025
│   │   └── group_2025_THALASSODENDRON_CILIATUM_6_colored_cog.tif
│   └── color_asv_pred_by_specie.json
├── pred_drone
│   ├── 2023
│   │   ├── 20231208_REU-ST-LEU_UAV-01_06_ortho_merged_predictions_color_cog.tif
│   │   └── 20231208_REU-ST-LEU_UAV-01_06_ortho_merged_predictions_preddata_cog.tif
│   ├── 2024
│   │   ├── 20240407_REU-ST-LEU-PORT_UAV-01_03_ortho_merged_predictions_color_cog.tif
│   │   └── 20240407_REU-ST-LEU-PORT_UAV-01_03_ortho_merged_predictions_preddata_cog.tif
│   └── 2025
│       ├── 20250517_REU-LA-SALINE_UAV-01_01_ortho_merged_predictions_color_cog.tif
│       └── 20250517_REU-LA-SALINE_UAV-01_01_ortho_merged_predictions_preddata_cog.tif
├── pred_ign
│   ├── 2017
│   │   ├── 974-2017-0340-7640-U40S-0M20-E080_merged_predictions_color_cog.tif
│   │   └── 974-2017-0340-7640-U40S-0M20-E080_merged_predictions_preddata_cog.tif
│   └── 2022
│       ├── 974-2022-0310-7670-U40S-0M20-E080_merged_predictions_color_cog.tif
│       └── 974-2022-0310-7670-U40S-0M20-E080_merged_predictions_preddata_cog.tif
└── transparent.png

🎨 Gestion des doubles fichiers (Bathy, Prédictions)

Les catégories bathy, pred_drone et pred_ign requièrent deux fichiers COG par raster pour séparer la visualisation de la donnée :

Type de Fichier	Rôle	Objectif
*`_color_cog.tif`**	Couche visuelle	Sert uniquement à afficher les couleurs sur la carte.
*`_preddata_cog.tif`**	Couche de données	Contient les valeurs du raster (profondeur, labels de prédiction, etc.), permettant à l'utilisateur de cliquer sur la carte pour obtenir une information précise.

3. Déploiement et mise à jour du serveur

Le déploiement et la configuration complète du serveur sont détaillés dans le README.md du dépôt principal cog-server.

🔗 Lien du tutoriel de déploiement : https://github.com/SeatizenDOI/cog-server/blob/master/README.md

🚀 Mise à jour des données sur le VPS

Pour mettre à jour les données sur le serveur VPS (celui de Sylvain) après l'optimisation :

Connexion : Utilisez un client FTP/SFTP comme FileZilla pour vous connecter au VPS.
Transfert : Transférez le contenu de votre nouveau dossier data (contenant les sous-dossiers bathy, ortho, etc.) vers le répertoire de données du serveur : /home/debian/villien/data
Redémarrage : Relancez le conteneur Docker pour qu'il prenne en compte les nouveaux fichiers. Utilisez la commande suivante via SSH : docker container restart cog-server